Uchwałą Rady Ministrów z 20 sierpnia 1968 r. Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka w Krakowie zyskała status biblioteki naukowej. Wykaz bibliotek naukowych określa rozporządzenie Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z 2 kwietnia 2012 r. w sprawie sposobu i trybu zaliczania bibliotek do niektórych bibliotek naukowych oraz ustalenia ich wykazu (Dz.U.2016.137 z poźn. zm.).
Jak wynika z art. 21 ust. 1 ustawy z 27 czerwca 1997 r. o bibliotekach (Dz.U.2018.574 z późn. zm.), biblioteki naukowe:
- służą potrzebom nauki i kształcenia, zapewniając dostęp do materiałów bibliotecznych i zasobów informacyjnych niezbędnych do prowadzenia prac naukowo-badawczych oraz zawierających wyniki badań naukowych;
- prowadzą działalność naukowo-badawczą w zakresie bibliotekoznawstwa i dziedzin pokrewnych, a także w zakresie obsługiwanych przez nie dziedzin nauki.
27 marca 2012 roku powołana została Rada Naukowa Pedagogicznej Biblioteki Wojewódzkiej im. Hugona Kołłątaja w Krakowie jako organ inicjujący, opiniotwórczy i doradczy w zakresie działalności naukowej. Do zadań Rady Naukowej należy inicjowanie i opiniowanie programów naukowo-badawczych, planów wydawniczych i zasad współdziałania z innymi instytucjami naukowymi. Członkowie Rady Naukowej powoływani są na 4-letnią kadencję, zbierają się na posiedzeniu przynajmniej raz w roku.
W skład Rady Naukowej powołanej na okres od 29 października 2024 r. do 28 października 2028 r. wchodzą:
- dr hab. Maria Nowina Konopka, prof. Uniwersytetu Jagiellońskiego
- dr hab. Remigiusz Sapa, prof. Uniwersytetu Jagiellońskiego; Biblioteka Jagiellońska
- dr hab. Magdalena Wójcik, prof. Uniwersytetu Jagiellońskiego
- dr hab. Krystyna Zabawa, prof. Uniwersytetu Ignatianum w Krakowie
- dr Agnieszka Fluda-Krokos, Biblioteka Naukowa PAU i PAN w Krakowie; Uniwersytet Jagielloński
- dr Dagmara Kawoń-Noga, Uniwersytet WSB Merito w Opolu; Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka w Opolu - Opolskie Centrum Edukacji
